O Centro de Genética Médica (IGM) funciona como centro de toda a organização do Programa. É sede da Comissão Nacional para o Diagnóstico Precoce, e alberga nas suas instalações as seguintes estruturas dedicadas ao rastreio:

- Laboratório Nacional
- Secretariado
- Centro de armazenamento e distribuição dos produtos dietéticos.
- Armazenamento das fichas.
- Consultas de Endocrinologia, Fenilcetonúria, Nutrição e Psicologia.
- Cozinha experimental

É ainda utilizado como sede provisória pela Associação Portuguesa de Fenilcetonúria e outras Doenças Metabólicas - APOFEN